Der Schulleiter ist verantwortlich für die pädagogische Leitung und die Verwaltung der Schule als Vertreter des deutsch-costaricanischen Kulturvereins. Er muss die Schule im Sinne der deutschen auswärtigen Kulturpolitik, der Satzungen des Kulturvereins und in Übereinstimmung mit den Vorgaben des Gastlandes leiten. Er ist der Vorgesetzte aller Mitarbeiter. Eine seiner Aufgaben ist es, dem Vorstand personelle Entscheidungen vorzuschlagen.

Herr Kurt Endres ist zur Zeit der Schulleiter.

Das Hauptziel der Humboldt Schule wurde nach dem Förderrahmen 2000 der zuständigen deutschen Behörden festgelegt:

Das Lehrprogramm wird beiden Schlussprüfungen angepasst: dem deutschen Abitur und der costaricanischen Bachilleratoprüfung. Ab der 9. Klasse werden die Schüler vor allem in diejenigen Fächer unterrichtet, die wichtig für die angestrebte Schlussprüfung sind.

In der siebten und achten Klasse werden Physik und Ethik auf Deutsch unterrichtet. Ab der neunten Klasse werden die R-Gruppen vollständig integriert. Die Schüler werden dann, in Abhängigkeit von der angestrebten Schlussprüfung, in die Zweige H oder B eingeteilt. Im Zweig H werden mehr Fächer auf Deutsch unterrichtet (Geschichte, Biologie); im Zweig B ist Biologie auf Spanisch, Geschichte wird durch spezielle Kurse ersetzt (Statistik, Wirtschaftsenglisch, Einführungsmathematik für die Universität).

Für beide Zweige ist Englisch ein wichtiges Fach. Es wird ab der fünften Klasse unterrichtet (ab der sechsten für die R-Schüler). Die Schüler sind also dreisprachig.

Im Lehrplan der Sekundarstufe werden mehrtägige pädagogische Aktivitäten integriert, sowie eine Deutschlandsreise mit Schüleraustausch in der Klasse 10. Alle Schüler legen die Toefl-Prüfung am Ende von Klasse 11, das Sprachdiplom B1 in der 10. Klasse und das Sprachdiplom C1 in der 11. Klasse ab. Ab dem Jahr 2004 haben besonders begabte Schüler der Klassen 10 bis 12 spezialisierte Informatik-und Englischkurse.

Um in der Sekundarstufe aufgenommen zu werden, müssen die Schuler die Primarstufe bestanden haben. Aus Deutschland oder anderen deutschen Auslandsschulen kommende Schüler müssen die sechste Klasse bestanden haben.

Nach der neunten Klasse teilen die Lehrer die Schüler in die Zweige H oder B ein. Schüler, die aus Ländern mit einem anderen Schulkalender kommen, wird empfohlen, ein halbes Jahr zu wiederholen. Kinder, die nicht aus deutschen Schulen kommen, können wegen den fehlenden Sprachkenntnissen in der Regel nicht aufgenommen werden.

Für die Aufnahme in die Klasse 12 gelten besondere Bestimmungen: Bestehen der Klasse 11 und des costaricanischen „bachillerato“. Außerdem gute Deutschkenntnisse (Bestehen des Sprachdiplom C1) und eine positive Einstellung zum Studium sowie gute akademische Leistungen.